El funcionamiento del agua micelar se basa en la interacción entre las micelas y células muertas, el maquillaje y la suciedad presentes en la piel. Al aplicar el agua micelar en un disco de algodón y pasarlo suavemente por el rostro, las micelas se adhieren a las partículas atrapándolas en su interior.
La estructura de las micelas permite que las sustancias lipofílicas, es decir, que tienen afinidad por los lípidos o grasas, se disuelven en el interior de las micelas. A su vez, las sustancias hidrofílicas, solubles con el agua, se encuentran en la parte externa de las mismas micelas. Esto significa que el agua micelar tiene la capacidad de disolver tanto sustancias hidrosolubles como liposolubles, lo que la convierte en un desmaquillante muy efectivo, incluso para el maquillaje resistente al agua.
A diferencia de otros productos de higiene facial, el agua micelar no requiere de aclarado. Después de usarla, no necesita aclararse, lo que resulta en una opción rápida para la limpieza diaria.